2012年4月，开始筹建国家林业局经济林产品检验检测中心（南昌）；

2014年11月28日，中心顺利通过了江西省质量技术监督局的计量认证，获得了“计量认证证书”和“食品检验机构资质认定证书”。中心检测能力参数48项，其中食品19项，植物油脂6项，水质8项，土壤15项；

2015年4月15日，国家林业局科技司组织和带领专家对中心进行评审，一致通过，并于2015年4月23日颁发了国家林业局的授权证书；

2016年12月18日，中心顺利通过省质监局的实验室检测能力扩项。扩充能力参数45项。其中食品48项，植物油脂17项，水质12项，土壤16项；

2017年12月4日，中心顺利通过省质监局组织的复评审。中心检测能力参数117项，其中食品50项，植物油脂18项，水质22项，土壤27项；

2018年12月15日，顺利通过省质监局组织的检验检测机构资质认定扩项评审。新增项目66个，涉及46项检测参数、20个检测方法。中心检测能力参数共计163项，其中食品72项，植物油脂18项，水质29项，土壤31项，种子种苗13项；

2019年7月1日，中心完成国家林业和草原局经济林产品质量检验检测中心（南昌）建设项目验收。项目完成ICP-MS、氨基酸分析仪、液相色谱仪、离子色谱仪等37台（套）仪器购置、安装、调试、验收和使用，提升中心对林产品质量检验检测的能力；

2020年5月26日，中心参加国家林业和草原局科技司开展的林产品检验检测机构能力验证活动，食用林产品中农药残留和重金属残留含量测定，结果均为满意；

2020年6月22日，国家林业和草原局同意中心更名申请并颁发审查认可授权证书。中心正式由“国家林业和草原局经济林产品质量检验检测中心（南昌）”更名为“国家林业和草原局林产品质量检验检测中心（南昌）”；

2021年5月22日，中心顺利通过省市场监督管理局的检验检测机构资质认定扩项评审。扩充能力参数53项。其中食品33项，水质11项，土壤3项，森林可燃物6项；

2021年5月6日，中心参加国家林业和草原局科技司开展的林产品检验检测机构能力验证活动，食用林产品中重金属（镉）残留含量测定，结果满意；

2021年10月27日，中心参加江西省市场监督管理局开展的食品检验检测机构能力验证活动，大米中镉含量测定，结果满意；

2021年10月9日，中心顺利通过省市场监督管理局的检验检测机构资质认定扩项评审。扩充农药残留能力参数394项；

2022年7月10日，中心顺利通过省市场监督管理局的检验检测机构资质认定扩项评审。扩充能力参数36项。其中土壤和沉积物23项，食品中农药残留12项，食品理化1项。

2022年7月11日，中心入选2022年赣江新区科技服务机构。

2022年11月13日，中心资溪竹木检测室顺利通过省市场监督管理局的检验检测机构资质认定扩项评审。扩充能力参数26项。其中竹木制品23项，食品微生物3项。

2022年12月7日，荣获江西省土壤科学技术大会组织的第二届“红土地”土壤学实验技能大赛社会组一等奖。

2022年12月21日，中心入选第三次全国土壤普查第三批检测实验室名录。